达尔文的进化论 ― 前提
达尔文的进化论是人们普遍持有的观念，认为一切生命相互关联，来自一个共同的祖先：鸟类和香蕉，鱼类和花卉 ― 都彼此相关。达尔文的一般理论假设生命由非生命发展而来，并强调一个纯粹自然的（无向的）“有修正的遗传”。也就是说，复杂些的生物是从更简单的祖先随着时间的推移自然演变而来。简言之，当随机基因突变发生在一个生物体的遗传密码内部时，有益的突变被保留下来，因为它们帮助生存 ― 一个称之为“自然选择”的过程。这些有益的突变传递给下一代。随着时间的推移，有益的突变不断累积，结果形成了完全不同的生物体（不只是原来的变种，而是一个完全不同的生物）。
达尔文的进化论 ― 自然选择
虽然达尔文的进化论相对较新，但进化的世界观却像历史一样古老。古希腊哲学家阿那克西曼德假设，生命是从非生命发展而来，人类是从动物进化而来。查尔斯•达尔文只是往旧的哲学中注入了一些新的东西 ― 一个称为“自然选择”的东西。自然选择是为了保护和积累少数有利的基因突变。 假设某物种的成员发展了一种有益的功能（长出翅膀而且学习飞行）。其后代继承这一优势，并代代相传。同一物种的劣势（不利）群体的成员将逐渐消失，只留下该物种的高级（有利）的成员。自然选择是一个功能优势的保护，使一个物种在野外有更强的竞争力。自然选择相当于家庭饲养。几个世纪以来，人类饲养者只需通过个体选择饲养就使得家禽畜的数量发生了巨变。饲养者逐渐淘汰了不利的特征。同样地，自然选择随着时间淘汰了劣势物种。
达尔文的进化论 ― 缓慢但肯定
达尔文的进化论是一个缓慢渐进的过程。 达尔文写道：“...自然选择，只能利用微小的连续的变化，她永远不能有一个突然的大的飞跃，但一定有小的，稳步的进化，尽管步履缓慢。” [1]因此，达尔文承认，“要是能够证明任何复杂的器官确实存在，它们是不可能通过众多、连续、微小的修正而形成的，我的理论就绝对会被打破。” [2] 这样一个复杂的器官将被视为“不可简化的复杂系统”的美誉。 一个不可简化的复杂的系统由多个部分组成，所有各部分都是系统运作的必要成分。 如果一个部分丢失，整个系统将瘫痪。每一个部分都是不可或缺的。 [3] 因此，这种系统不可能缓慢地，一部分接一部分地演变。 常见的捕鼠器是一个日常的非生物的复杂结构的例子。 它由五个基本部分组成：一个鼠夹（夹着诱饵），一个弹力好的弹簧，一根称为“铁锤”的小棍，一根固定小锤的支架，和一块放置捕鼠器的板子。 如果任何一个组成部分缺失，这个装置将无法工作。每个单独部分都是不可或缺的。捕鼠器就是不可简化的复杂装置。 [4]
达尔文的进化论 ― 一个危机中的理论
由于过去五十年我们在分子生物学，生物化学和遗传学方面所取得的巨大进步，达尔文的进化论身处危机之中。我们现在知道，在细胞结构层面，有成千上万个不可简化的复杂系统。特定的复杂性贯穿于整个微生物世界。分子生物学家迈克尔•丹顿说：“虽然微小的细菌细胞非常之小，重量不到10-12克，但实际上每个细胞都是一个名副其实的微型工厂，其中包含数以千计的精密设计的复杂的分子结构，总共由1千亿个原子组成，它远比人造的任何机器复杂的多，而且在非生物世界绝对没有与之相似的东西。” [5]
我们不需要用显微镜来观察无法简化的复杂性。 眼睛，耳朵和心脏都是这种复杂性的例子，虽然在达尔文时代他们未被认可。 不过，达尔文承认：“根据远近不同来调整焦距，调节光量，校正球面和色彩的偏差，假设眼睛这一独特的结构可能是自然选择形成的，坦率地讲，似乎是荒谬之极的。” [6]
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